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Der Jenaer Zoologe Ernst Haeckel zählt zu den bedeutendsten, aber auch umstrittensten Naturwissenschaftlern des ausgehenden 19. und beginnenden 20. Jahrhunderts. Als begeisterter Anhänger Darwins arbeitete er an der Weiterführung und Popularisierung der Evolutionstheorie und wurde damit zu einer Symbolfigur in den Weltanschauungskämpfen der Zeit. Der zweite Band der auf insgesamt 25 Bände angelegten historisch-kritischen Ausgabe dokumentiert mit der Familienkorrespondenz aus dem Zeitraum von August 1854 bis März 1857 die zweite Hälfte der Studienzeit Haeckels bis zu seiner Promotion in Berlin sowie die ersten größeren Reisen nach Helgoland (1854), in die Alpen (1855) und nach Nizza (1856). Während dieser Zeit wurde aus dem ungeliebten Studium der Medizin unter dem Einfluss von Johannes Müller, Albert von Kölliker und Rudolf Virchow ein mit größter Hingabe verfolgter Weg zur wissenschaftlichen Erkenntnis des organischen Lebens. Auf Helgoland entschied er sich endgültig für die Zoologie als Profession. Seine im Anschluss an die Würzburger Assistenzzeit bei Virchow ausgearbeitete Dissertation widmete er, angeregt von Kölliker, der mikroskopischen Anatomie.
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